離子色譜儀雖然市場上種類繁多，但是其結構主要包括泵液系統、進樣系統、色譜分離柱、檢測器、數據處理五個部分組成。離子色譜儀工作原理是充分利用固定相與流動相間的交換作用，固定相中離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子在分離色譜柱中滯留時間長短不同，分析物溶質與交換劑之間親和力的差異性進行分離。
離子色譜儀測定常見陰離子效果比較好，比較適用于親水性陰、陽離子的分離。色譜儀便于檢測的常見陰離子包括：F-,Cl-,Br-,NO2-,PO43-,NO3-,SO42-等;檢測的陽離子主要包括:Li+,Na+,NH4+,K+,Ca2+,Mg2+,Cu2+,Zn2+,Fe2+,Fe3+等。
離子色譜儀具有快速、高效、準確等優點，對于高濃度樣品的檢測，檢測結果不太理想，只有把高濃度樣品進行稀釋，然后再進行測定分析。而且離子色譜儀測定的范圍也比較有限，設備使用過程需要經常維護，才能確保其性能良好。
離子色譜儀工作流程基本大同小異。其流程主要為：
(1)對淋洗液系統進行必要檢查，打開氬氣氣瓶開關，調節減壓閥指示為0.2-0.3Mpa;打開淋洗液系統氣源裝置，調節減壓閥，使指示表顯示為3-6PSi。
(2)分別按順序打開主機-電腦-打印機等設備電源開關，對設備進行上電操作。
(3)系統處理及控制系統上電接通后，進入操作界面，并進入系統操作面板，準備操作前的準備及管理工作。
(4)打開泵。如色譜分析儀長時間不使用或更換淋洗液后，要先打開平衡泵頭上的PRIME閥排氣后再開泵，待泵壓力穩定后再打開抑制器電源。
(5)在進入色譜柱之前通過進樣器將樣品導入,流動相將樣品帶入色譜柱,在色譜柱中各組分被分離,并依次隨流動相流至檢測器。
(6)檢測器檢測到的信號送至數據系統，利用操作界面做完樣后，選擇檢測標準進入數據處理，對采集數據進行記錄、處理、打印或者保存等操作。
(7)關機，系統關機需要根據檢測樣品不同選擇不同關機步驟。對于陰陽離子，需要先將抑制器電流關掉，然后再關泵，后關主機。